Округление копеек в кассе округляет вне зависимости от способа расчета.
Эквайринг округлять не нужно. Округление должно срабатывать при нажатии в окне оплаты и меняться в зависимости от способов оплаты. Если нал, то без копеек, безнал - с копейками. Нал-безнал - копейки в безнал.

Также с бонусами неудобно работать - они с копейками. Приходится в ручную поправлять сумму при оплате - округлять бонусы до целого в меньшую, оплату до целого в большую. Здесь нужно даже не округление, а какая-то опция, чтобы доступно для списания было только целое число бонусов. Тогда проблемы не будет.